Edward lúc đó 60 tuổi, hơn cô dâu mới của mình ít nhất 40 tuổi. Đám cưới diễn ra tại Canterbury vào ngày 10 tháng 9 năm 1299.[5]Margaret không bao giờ được đăng quang như nhiều vương hậu khác do hạn chế tài chính, là vương hậu đầu tiên không đăng quang kể từ Cuộc chinh phục. Tuy nhiên, điều này không làm giảm phẩm giá của bà với tư cách là vợ của nhà vua, vì bà đã sử dụng tước hiệu hoàng gia trong các thư từ và tài liệu của mình, và xuất hiện công khai đội vương miện mặc dù bà chưa nhận được vương miện trong một nghi thức chính thức của lễ tấn phong.[6]

Edward sớm quay trở lại biên giới Scotland để tiếp tục các chiến dịch của mình và để Margaret ở London, nhưng bà đã nhanh chóng mang thai sau đám cưới.[7]Sau nhiều tháng buồn chán và cô đơn, vị vương hậu trẻ quyết định đi theo chồng. Không gì có thể làm nhà vua hài lòng hơn, vì hành động của Margaret khiến ông nhớ đến người vợ đầu tiên của mình là Eleanor, người đã có hai trong số mười sáu người con của bà ở nước ngoài. Trong vòng chưa đầy một năm Margaret hạ sinh một cậu con trai, Thomas, người được đặt theo tên Thomas Becket, vì bà đã cầu nguyện với ông ta trong thời gian mang thai. Năm sau, bà sinh thêm một cậu contrai, Edmund.

Nhiều người rơi vào cơn thịnh nộ của nhà vua đã được cứu khỏi hình phạt quá nghiêm khắc do ảnh hưởng của vương hậu đối với chồng bà, và tuyên bố ''Chỉ được ân xá khi có sự cầu nguyện của người vương hậu thân yêu nhất của chúng ta, nữ hoàng Margaret của Anh '', xuất hiện. Năm 1305, vương hậu trẻ đóng vai trò là người hòa giải giữa con riêng và chồng, hòa giải người thừa kế rõ ràng với người cha già của mình, và xoa dịu cơn thịnh nộ của chồng. Bà và con riêng của chồng mình Edward, người chỉ kém bà hai tuổi, cũng trở nên quý mến nhau: Edward đã từng tặng và một món quà là một chiếc nhẫn vàng và ruby ​​đắt tiền, và trong một lần bà đã giải cứu nhiều người bạn của hoàng tử khỏi cơn thịnh nộ của nhà vua.

Margaret ủng hộ dòng Phanxicô và là một ân nhân của cơ sở mới tại Newgate. Bà thuê chàng diễn viên kịch Guy de Psaltery và cả bà và chồng đều thích chơi cờ.[8] Cặp đôi chênh lệch tuổi tác lại hạnh phúc khôn xiết. Khi chị gái Blanche qua đời vào năm 1305, Edward ra lệnh cho tất cả triều đình phải để tang để làm hài lòng vợ mình. Ông nhận ra người vợ mà ông lấy được là "một viên ngọc trai có giá rất cao" vì Margaret được tôn trọng vì sắc đẹp, đức tính và lòng hiếu nghĩa của cô. Cùng năm Margaret sinh một bé gái, Eleanor, được đặt tên để vinh danh người vợ đầu tiên của Edward, một lựa chọn khiến nhiều người ngạc nhiên và cho thấy bản chất không hề ghen tuông của Margaret.

Năm 1307, Edward tham gia chiến dịch mùa hè đến Scotland. Margaret đi cùng ông. Edward băng hà ở Burgh by Sands.